viele Memorysticks usw arbeiten so, dass sie Daten nicht immer an eine Stelle schreiben, sondern weitergehen und den Wert markieren, bzw. seine Position sich merken.
Du könntest die Daten mit einer Markierung versehen, die anzeigt, welche die Aktuelle ist, und dann immer einen neben den anderen schreiben.
Du könntest den Datensatz schreiben, sodass diese als aktuellste markiert sind, den vorhergehenden Datensatz dann umschreiben, dass er nichtmehr aktuell ist.
Ansonsten würde ich es so machen, dass du die Sachen in einen RAM speicherst und erst vor der Abschaltung in das EEPROM kopierst. Natürlich wäre dann im Fehlerfall (Betriebsspannung weg) der Inhalt zerstört. Aber wenn du noch einen Backup-Goldcap Kondensator einbaust und die Batteriespannung misst, könntest du es schaffen, vor einem Leerlaufen der Batterie die Daten zu sichern.