Glaub garnicht, daß du einen Interrupt brauchst.
Du mußt nur dauernd die Pins auf Flanken checken und dem entsprechend den Grundzustand bestimmen und aus dem zusammen dann die Outputs setzen.
Ev. für die Output-Start-Stops einen Timer beschäftigen, damit die Signallänge passt.

Da sollte es eigentlich dann keine vernudelten 1-er geben.