Hi,
die Kurzform: Nimm ein Multimeter.
Langform: Das ganz ist sicher machbar (wenngleich es einige Probleme gibt, kein ATMega mag negative Eingangsspannungen etc.)
Aber: Du hast keine Vorkenntnisse über die ATMegas und um sich da vernünftig einzuarbeiten reichen vier bis fünf Tage meiner Meinung nach nicht aus.
Du brauchst Informationen über das Hardwaredesign (RN-Wiki, ATMega-Grundschaltung).
Und du brauchst Wissen über den Funktionsumfang und die Funktionsweise der ATMegas (Datenblatt/RN-Wiki/mikrocontroller.net)
Zu deiner Frage:
Der ATMega16 hat im DIP40-Gehäuse acht ADC-Eingänge, also der komplette Port A (Pin 33 bis 40).
Intern hat der ATMega16 genau einen ADC-Wandler. Um die Signale auszulesen, musst du dem internen Multiplexer "sagen", welchen Kanal er auswählen soll. Nach einer gewissen Stabilisierungszeit kannst du dann Werte auslesen.
Wie das ganze genau geht? Datenblatt, Abschnitt ADC VOLLSTÄNDIG durchlesen, da gibt es noch andere (wichtige) Informationen.
Zu den Ausgängen: Steht alles im Datenblatt, IO-Pin kennt vier Zustände: Eingang, Eingang+Pullup, Ausgang Low, Ausgang High.
Low und High entsprechen GND und VCC, Details siehe Datenblatt, Abschnitt I/O-Ports.
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