Ist es problematisch wenn ich zeitweise jeweils einen Interrupt deaktiviere?
Nö - das ist kein Problem!
Wahrscheinlich willst Du sicherstellen, dass die beiden Lichtschranken wirklich nur abwechselnd auslösen können und nicht mehrfach nacheinander, oder? Das wäre eine gute Lösung - nur musst Du in der laufenden ISR den jeweils anderen Interrupt wieder aktivieren (in Deinem Code fehlt in der 1. ISR die Aktivierung der 2.)

Schönen Abend noch,

Daniel