Sorry, Tippfehler. Sollte wirklich "count != 0" heissen.

Die Zeile "PORTD |= (1 << PD6);" stimmt so. Die LED an PD6 sollte angehn, wenn count einen anderen Wert als 0 einnimmt, was eigentlich nach 2.5 ms passieren sollte. Das tut's aber leider nicht, also muss ich davon ausgehen, dass count in der ISR nicht verändert wird.
Der Port ist übrigens richtig initialisiert. Wenn ich count initial auf 1 setze, geht die LED an.