So müsste sich der Timer doch beenden lassen.
Ja, wenn beide Bits ganz sicher vorher 1 sind. Sicherer wäre ein auf Null setzen, das nicht vom aktuellen Zustand abhängt:
TIMSK &= ~((1<<TICIE1) | (1<<TOIE1));

Wenn das Bit an der entsprechenden Position 1 ist, so wird das Produkt 1*X zu Zeit.Stunde addiert.
Und welche Wertigkeiten (X) haben die Bits an Position 4 und 5? (Tipp: 10 und 20 sind es jedenfalls nicht)