Habe auch ein Problem mit den Fuse Bits gehabt und konnte unter Pony Prog den ATMega32 nicht mehr ansprechen (unknown device -24) oder so ähnlich.
Zur Rettung habe ich auf meinem Pollin Programmer Board einen Keramik Resonator mit 4 Mhz an den ATMega angeschlossen und den Mittelabgriff mit der Masse des Boards verbunden. Danach war der Chip wieder ansprechbar und konnte erfolgreich programmiert werden.
Vielleicht hilfts ja...