So ein Kurzschluss habe ich auch schon fabriziert *räusper*.

Einige Minuten lang hat es dem Atmel nichts ausgemacht, von der Wärmeentwicklung mal abgesehen. Kann Glück gewesen sein.
Ein anderes mal habe ich versehendlich 12V an einen Eingang gelegt und da waren leider 2 Sekunden schon zu lange. Der Atmel funktionierte zwar noch, aber der Portpin war hinüber und weder als Eingang noch als Ausgang noch zu gebrauchen.

Was die Widerstandsfähigkeit der Controller angeht, so habe ich schon extreme Unterscheide festgestellt. Habe auch schon von einem Atmel gehört der nach 5 Sekunden Portpin-Kurzschluß in die ewigen Jagdgründe abwanderte. Im Allgemeinen sind die Teile aber recht robust.

Ich würde zunächst die Software und die Platine überprüfen um festzustellen ob irgendwo zu hohe Ströne fließen könnten. Der Controller wird ja nicht aus Lust und Laune qualmen, denn µC sind für gewöhnlich Nichtraucher
Der Controller wird ja nicht kaputtgegangen sein und dadurch einen Kurzen verursachen haben, der ihn erwärmt, sondern ein vorhandener Kurzschluss verursacht den Defekt.

Ein warmer Spannungsregler ist nichts unnormales. Wichtig wäre es, zu wissen, was für einen Typ du benutzt, welche Eingangsspannung du anliegen hast, wieviel Strom deine Elektronik zieht und wie und ob der SR gekühlt wird.

Gruß und erfolgreiches Fehlerfinden
MeckPommER