Quarz kaputt: naja das wäre erstmal egal, da der Mega standardmäßig mit internem Takt läuft...

Also das auslesen der Fusebits meinte ich dann auch erst, nachdem der Programmer langsam gestellt wurde.
Aber ich les grad:
Die Firmware verfügt über einen automatischen Step-Down-Modus für Controller die auf langsame Taktquellen unter 1MHz umgeschaltet wurden die sich bisher nicht mehr mit der Standard-ISP-Geschwindigkeit ansprechen ließen.
Also ich benutze immer avrdude, lad dir das mal runter und schau mal was das dazu sagt.
(avrdude -p ATmega644 -c AVR910 -P com4)

@Besserwessi:
Also der USBasp z.B. kommt mit dem 1MHz Takt nicht klar. Den muss ich immer erst runterstellen, dann Fusebits setzen und dann gehts auch schneller.