Wenn der 16 Bit zähler bis 65535 läuft, wie kann ich dann eine Periode festlegen? Ich will z.B. ne Periode von 100 µs. Wie kann man das einstellen? Wahrscheinlich zwei mal Compare Interrupt oder?
Ja, oder indem du im Overflow-Interrupt den Timer-Wert "vorlädst".

2. Wie lange braucht der Zähler die 65535 hochzuzählen?
Diese Frage ist jetzt nicht wirklich dein Ernst, oder?
Das ist essentielles Basis-Grundlagen-Wissen. Du nimmst dir jetzt das Datenblatt und liest dir den Abschnitt zum Timer einmal komplett durch. Das ist ja wohl das Mindeste, was du mal machen könntest, bevor du Fragen dazu stellst. Und wenn du dir dann diese Frage nicht selber beantworten kannst, kann ich dir auch nicht helfen.
Die Formulierung "Ich habe die Aufgabe" legt nahe, dass es um eine Hausaufgabe oder was Berufliches geht. Alles werde ich dir daher nicht vorkauen.