miss einmal die spannung an den batterien.
sie sollte ca. 6V (bei neuen batterien) sein.

also das mit dem jumper ist so:
batterien haben je 1,5V, bei 4 ergibt das 6V
akkus haben je 1,2V, bei 4 ergibt das 4,8V

der µC verträgt aber nur eine spannung von 5V.
daher wird bei den batterien eine diode in serie zum µC geschaltet. dadurch erhält man einen spannungsabfall von ca. 0,7V und hat somit 5,3V am µC.

durch den jumper wird die diode kurzgeschlossen, oder anders gesagt, man überbrückt sie. dadurch geht keine spannung verloren und der µC erhält die gesammten 4,8V der akkus.

wenn du nun sagst, dass er nur geht wenn der jumper gesetzt ist, kann das bedeuten, dass die batterien zu wenig spannung liefen.