Der Vorwiderstand bleibt der selbe, egal ob die LED dauernd leuchtet oder nur Impulse bekommt.

Dein Vorwiderstand ist übrigens zu klein:
I = (U-U(led))/R(v) = (5V - 2,1V)/100Ohm = 29mA
Das tut weder dem Prozessor noch der LED auf Dauer gut.
Du solltes mindestens 150Ohm nehmen, damit wärst Du dann mit knapp über 19mA innerhalb der Spec.

Wenn Du eine LED mit Pulsen ansteuerst, lässt die Helligkeit nach. Da kommts halt dann drauf an, wie lang der Puls ist (Daher kann man LEDs ja auch per PWM dimmen).
Deine Schaltung würde ich noch so ändern, dass Du für jede LED einen eigenen Vorwiderstand hast, sonst kannst Du immer nur einen Transistor durchschalten. Zur Erklärung: Der Strom über den Vorwiderstand ist immer gleich, egal wieviele LEDs leuchten. Sind mehrere LEDs angesteuert, teilt sich der Strom über die einzelnen LEDs auf -> die LEDs leuchten schwächer.

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Blödsinn, beim Multiplexen wird ja eh immer nur eine LED angesteuert. Dann kannst Du's natürlich so machen.....
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Wie lang der Puls sein muss, kommt auf die LED an - musst Du ausprobieren. Um kein flackern zu bekommen, musst Du eigentlich nur schneller 100Hz sein, das dürfte eigentlich schon reichen. In der Praxis wählt man aber eher Frequenzen im kHz-Bereich.

Gruß,
askazo