Die bisher genannte Systembeschreibung ist doch:
- digitales Video
- digitale Messdaten
- werden digital an den PC übertragen

Damit liegt alles digital vor, man muss da nichts mehr irgendwo reinmodulieren. Ich würde deswegen das AVI-Format nehmen. Die Messdaten könnte man dann direkt z.B. als unkomprimiertes Audio speichern.

Prinzipiell arbeitet AVI mit verschiedenen Streams und soweit ich das verstanden habe könnte man auch einfach einen extra Messdatenkanal definieren ohne die Audio-Kanäle zu missbrauchen. Ich weiß aber nicht, wie aufwändig das ist; evtl. geht das nicht über die normalen API-Funktionen.