Mit Interrups während Wait hab ich auch schon öfter Probleme gehabt. Scheint, als würde das wirklich nicht gehen

Zum Löschen müsstest du das Request-Flag löschen; also das Bit im Register, in dem der INT0 seinen Request reinpackt.
Müsste mit "GIFR = GIFR OR 64" machbar sein (Bit 6 von GIFR setzen um das Flag zu löschen)