Stimmt, eine zu niedriege Frequenz sollte es nicht geben. Aber whatever it was, bei Takt von 14,xxx MHz lief es bei Minimum ISP über STK500 nicht, war aber die Vorgängerversion vom AVR Studio. Tut hier eigentlich nix zur Sache, sollte aber erwähnt werden.
Mit dem Kabel halte ich es relativ kurz und nehme die STK-Kabel von ca. 15cm.
Wenn aber schon dein MKII nicht immer erkannt wird, kann es doch nur an der Verbindung zum PC liegen. Nimm mal ein anderes Kabel oder benutze einen anderen Port.
IMHO gab es auch ein Firmware Problem mit dem MKII. Check doch mal bei AVR.