Mit der PWM erzeugst Du über alle möglichen Innenwiderstände ja auch eine Wechselspannung, deren Minima im Zweifelsfall unter der Auslöseschwelle des Komparators liegen. Da hilft wohl nur Filtern, ob man das unbedingt in Software machen muss anstelle eines einfachen RC-Gliedes wage ich mal zu bezweifeln. Habe gerade ein Layout fertig gemacht, auf dem ein LM393 einen 6V SLA-Akku überwacht. Zuerst gibt's optischen Alarm und dann wird der mit dem Akku betriebene MAX1771 Step-Up-Wandler abgeschaltet. Trotz PWM alles grün