hm, das klingt in der tat komisch,

also wenn keine lötfehler, kabelbruch, verpolung oder überhitzung vorliegen sollte es gehen ....

das prototype board ist auch mit strom versorgt während du ihn programmierst ?

ein rat zum schluss, µC nie direkt auflöten wenn es zum probieren und basteln ist, immer einen sockel auflöten und den µC nur stecken, so kann man ihn auch auswechseln/HV programmieren ....

zum HV ptogrammieren müsstest du den µC an 20 pins anschliessen und vorher eine pasende buchsenleiste auf den AVR dragon löten