Wenn du nur den Takt umgestellt hast, kann der Mega nicht tot sein. Du hast entweder auf Quarz oder auf Oszillator gestellt, beides funktoniert im STK gleich. Es kann nur sein das die Jumper des STK auf Quarz sind und keiner gesteckt ist.
Eine weitere Möglichkeit wäre das du den Reset abgeschaltet hast, das lässt sich aber mit HV-Programmierung beheben.