Ursache könnten Transienten sein, die beim An-/Abstecken der Boards auf den Leitungen auftreten, zB auf den Datenleitungen (SDA/SCL) oder auf VCC, alls die Board die gleiche Versorge haben wie das Masterboard.
Vielleicht kannst Du rausfunden, wo sich der Master aufhängt? ZB in einer I²C-Schleife/einem I²C-State, weil am Bus Bedingungen auftauchen, die nicht abgehandelt werden weil sie standardmässig nicht vorgesehen sind oder nicht I²C-konform sind.
Zudem sollten die Steckverbinder ähnlich ausgelegt werden wie Steckverbinder anderer Hot-Plug-Busse, wie zB USB (dort sind VCC/GND länger als D+ und D- und kontakten dadurch vorher, der µC ist schon in einem definierten zustand wenn D+/D- Kontakt bekommen).
Evtl helfen auch kleine Kondensatoren am Bus, so gefühlte 10-100pF?
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