Auch unter Windows kann man ein Script für AVRDude schreiben. Ist nicht wesenlich mehr als der Komandozeilenaufruf. Muß man dann nur noch per Doppelklick starten.

Ein Programmierer für Mehrere Controller wird schwierig, aber man könnte 2 unabhängige Programierer anschließen: einer Programmiert gerade, am anderen wird gewechselt.