Es gibt für solche Fälle Trennrelais; steht der Motor, versorgt die Standard-Batterie nur die Fahrzeug-üblichen Systeme (Licht, Radio , etc); die 2. Batterie ist dann für Zusätze wie Stereo-Anlage, Standheizung, bei einigen Fahrzeugen auch Blaulicht (falls man am Einsatzort einfach mal das Teil ein paar Stunden laufenlässt, dass dann dass Fahrzeug auch startbar bleibt).
Wird der Motor gestartet und liefert der Generator genug Energie, werden die Batterien zum Laden einfach parallel geschaltet. Geht der Motor aus, wird die Verbindung wieder getrennt.

So kann man also die 2. Batterie leernuckeln ohne dass man danach Starthilfe braucht.