Naja, zum ersten Programmieren muss halt doch irgendeine Art von ISP-Anschluss mit auf die Platine.

Im Zweifelsfall reichen dazu ja ein paar kleine Kupferpads, die du dann halt z.B. über kleine Nadeln kontaktieren kannst. Oder aber du stattest das Board mit irgendeinem kleinen SMD-Steckverbinder aus, da gibt es sicher was geeignetes.