Der primitive Serielle Programmierdogle sollte von ponyprog und avrdude unterstützt werden. Dann sollte man auch damit die Fuses verstellen können. Da man mit den Fuses auch einiges falsch machen kann ist es vielleicht gar nicht so schlecht das die Software aus dem Lernpaket die Fuses nicht ändern kann.

Der fehlende Entkoppelkondensator am Controller könnte ein Problem sein. Je nachdem wie viel externe Störungen da sind, kann auch der Kondensator/Widerstand am Reset wichtig sein. Auf die Werte kommt es dabei eher weniger an, auch 100 nF gehen an Reset.