Alle Ports kannst Du als digitale Ein- und Ausgänge benutzen, soweit sind die Ports identisch. Die Ports haben aber alle noch Zusatfunktionen, durch die sie sich unterscheiden. Z.Bsp. Interrupteingang, Ein-/Ausgang serielle Schnittstelle, ISP-Anschluss, PWM-Ausgang ...
Surf doch mal hier vorbei:

http://www.atmel.com/dyn/resources/p...ents/2466S.pdf
http://www.atmel.com/dyn/resources/p...ts/doc2466.pdf

Da findest Du eine Zusammenfassung und die Dokumentation zum Mega16, der auf dem RN-Controll verwendet wird.