Die AVR Eingänge haben nur PullUps, um 5V zu liefern. Einen Port zerschießt man sich auf die bereits beschriebene Weise (Konfig als Ausgang und Wert 0, wenn eine Quelle mit viel Strom dranhängt, denn dann versucht der "kleine" FET innen drin den ganzen Strom kurz zu schließen) oder indem man zu hohe bzw. zu negative Spannungen anlegt. In letzterem Fall gehen die Schutzdioden hinüber, weil die auch nur Spannungsspitzen verkraften. In keinem der Fälle wird der µC wirklich heiß, weil er einen kurzen Strompuls von einigen hundert mA nur sehr kurz verkraftet. Danach kannst Du also nicht gehen.
Ich würde immernoch versuchen, den µC erst zu starten, wenn das Programmierkabel ab ist. Beim LPT weiß man nie, was der macht...
Gruß