Bei den Brückenschaltungen wird der Strom meistens nicht direkt am Motor gemessen, sondern an den Treibertransistoren. Bei den L620x, L293 usw. sind dazu Sense Widerstände vorgesehen. Was man da mißt ist nicht genau der Motorstrom, aber schon recht nahe dran. Bei einer Brücke aus disktreten MOSFETs könnte man den Shunt auch so ähnlich einbauen. Weil das Signal dann schon auf die Masse bezogen ist, wird das messen deutlich einfacher. Dadurch das der Strom durch die Freilaufdioden nicht mitgemessen wird, ist der Unterschied zum echten Motorstrom relativ gering, das ist der Steuerstrom für den Schalter, der Reverse recovery der einen Dioden und ggf. der Stromfluss im Umschaltzeitpunkt.

Auch wenn ich empfehlen würde den Strom Masseseitig zu messen:
Die Widerstände für die Differenzverstärkerschaltung lassen sich relativ einfach dimensionieren. Die Hauptverstärkung sollten die ersten Stufen machen (z.B. 10 fach), der OP am Ausgang in der Regel nur etwa 2 fache Verstärkung. Wegen des großen Gleichtaktbereichs (volle PWM Spannung) kommt man kaum ohne Hilfsspannungen aus.