Windows: WinAVR + AvrStudio4 (mit avrprog zum übertragen)
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Linux: avr-gcc + avrdude
Dann nimmst du dir ein Makefile (z.B. auf mikrocontroller.net), konfigurierst es und machst ein "make"
dann sagst du z.b. für atmega8 mit mkII als ISP...
#avrdude -p m8 -c avrispmkII -e -p USB -U flash:wroggi.hex
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Das is eig. alles was du brauchst...