Es müsste gehen, da MD ebenfalls eine Datenkompression (ATRAC) nutzt, der Kompressionsfaktor liegt aber nur so bei 5, während er bei MP3 je nach Qualität so um die 12 liegt.
Du müsstest nur den Decoder/Encoder IC umtauschen, vorausgesetzt du findest einen im gleichen Gehäuse und mit exakt der gleichen Beschaltung.
Was allerding ziehmlich schwierig werden könnte, also entweder, du baust dir dienen eigenen MD -MP3 Player komplett, oder du schlägst dir die Idee aus dem Kopf.