Hallo,

am einfachsten wäre es, Du vermeidest den Konflikt. Brauchst Du wirklich alle Pins.
Wennn das nicht geht, dann versuche doch, an die Pins, die für ISP verwendet werden (MISO MOSI SCK), etwas zu hängen, das vom Controller aus Output ist. Also zum Beispiel Kontroll Leuchten oder dergleichen. Also etwas, das beim ISP Programmieren wild flattern darf, ohne das es schadet. Relais, die Netzspannung schalten also eher nicht.
Wenn das alles nicht machbar ist, dann setze einen einen Serienwiderstand ein. Also z.bsp Pin SCK über 10KOhm an die Mitte deines DIL Schalters legen.
Die 10K werden beim ISP überfahren und stören also nicht

Bernhard