Das hab ich jetzt von Eagle schon ein paar mal probiert.

Du kannst schauen, ob sich wirklich nur die Teile darauf befinden (und an der Stelle, wo sie sein sollen) die du benötigst.

Sonst hilft wohl nur neu machen oder mittels einem ULP exportieren und in einem neuen Projekt erneut einfügen...

Viele Grüße
Flite