Hmm ich glaube folgendes:
A - Mit der Hardware-PWM wird das so nichts
B - Mit Bascom noch viel weniger (exakt)

Vielleicht solltest du dir dafür etwas ASM aneignen und einen möglichst kurzen Loop schreiben, der dir einfach nur immer einen Port schaltet.
Oder eben nen Interrupt.

Zum messen der Frequenz einen Interrupt und und diese Funktion zum messen einer Taktdauer (hab grad vergessen, wie das heißt - findet man im Datasheet unter Interrupt)