Logisch 0 wäre demnach ein Pegel von +12V nicht logisch 1.
Ja, das habe ich auch schon gelesen. Man sollte es sich eigentlich auswendig merken: eine Eins ist bei der RS232 eine negative Spannung.

Nach Wikipedia bedeutet RTS
RTS Request to Send „Sendeanforderung“; Eine logische Null an diesem Ausgang signalisiert der Gegenstelle, dass sie Daten senden kann
In diesem Fall macht es ja XP falscher als Linux ( bzw. der RXTX-Treiber ): Wenn man die Flow-Control ausschaltet, geht RTS auf eine negative Spanung, was aber letztendlich bedeutet, das RTS eine logisch 1 und damit die Gegenstelle nicht senden darf. Was der IR-Transmitter dann auch nicht tut.