Sicher ist das möglich!
Also wenn du genau festgelegte Adressen für deine Funktionen hast, kannst du ohne Probleme nur diese Teile austauschen.

Jedoch sollte der Bootloader das Firmware Update durchführen, und nicht dein Hauptmodul.
Dein Bootloader startet ja am Anfang. Dieser prüft dann, ob ein Firmware-Update durchgeführt werden soll oder nicht, wenn nicht, springt er zum Hauptmodul.
Wenn doch, dann lädt er sich die Daten (page-weise) und schreibt diese dann an die entsprechende Stelle im Flash (auch page-weise).

Du solltest also darauf achten, dass sich deine Funktionszeiger an der Pagegröße ausrichten!

Wenn alle Daten geschrieben wurden, springt der Bootloader zu deinem Hauptmodul.

mfg
zerush