Danke Christopher, hattest recht mit der Fusebit.. aber das allein war nicht alles!

so, kurz der stand, der bei mir jetzt endlich funktioniert.

ISP-Kabel wieder dran... Programmer richtig einstellen, das hex-file für den bootloader nochmals rüberspielen (vorher clear buffer). Das dauert schon erheblich länger als en normales Programm (weil eben so groß) Vorher oder nachher die fusebits einstellen und die einstellung speichern.

Den Mega2560 reseten.

Dann die Programmereinstellungen wie im oben erwähnten thread für den MCS Bootloader machen >> Baudrate 38400 (!)<<, speichern und ein eventuell offenes terminalfenster schließen.

Die FUSEBITS des zu übertragenden Programmes entsprechend anpassen (z.b:"&B11011100") und compilieren.

auto program chip...das Fenster öffnet sich und die Meldung "Reset Chip" erscheint. Daraufhin den chip mit dem Button "Reset" reseten und schon sollte es gehen. Zumindest bei mir.
...

Bleibt zu klären ob viele (alle) die einen Mega2560 über USB programmieren wollen das Problem mit der Baurate des Programmers >38400 baud anstatt 9600 baud<<
haben.
Gibt es jemanden der ihn mit 9600 Baud programmiert?