Mehrere Sensoren oder ICs per I2C anzusprechen geht über ds Software portokoll. Jeder Chip hat eine feste adrresse unter er er ansprechbar ist. Schwierig wird es nur wenn man mehrere Chips mit der gleichen Adresse hat.
Für den Anfang sollte die Schaltung vielleicht nicht ganz so kompliziert werden. Es ist keine Schande wenn ein paar Pins frei bleiben.
Zum Kontroller Mega48 gibt es als kompatible Typen den Mega88 / Mega168 mit 2 bzw. 4 mal mehr Speicher. Aber bis ein Mega48 voll ist braucht es auch schon einiges. Die Demo Version von Bascom kann zum Beispiel nur die Hälfe des Speichers nutzten.

Wenn wirklich mehr LEDS dran sollen, dann müßte man eventuell etwas stärkere Transistoren nehmen (wenigstens ein BC337/BC33. Bei 12 V gehen je nach Farbe bestenfalls 3 bis 5 LEDs in Reihe.