Ein Protokoll könnte in Deinem Fall z.B. so aussehen:
Der Master sendet 3 Bytes auf den UART.
Byte 1: Adresse (welcher der Slave-µC wird angesprochen)
Byte 2: Befehl (was soll der Slave machen)
Byte 3: Daten (z.B. irgendwelche benötigten Parameter für den Befehl)

Gruß,
askazo