Für das Problem mit dem Error Output gibt es wohl eine Lösung:
Das Makefile muss so konfiguriert werden das es den fehler in folgendem Format ausgibt:
full_path_and_filename(line number) : errortext
Leider habe ich noch keine funktionierende Variante gefunden und kenne mich auch nicht so gut mit Makefiles aus.
Gibt es jemanden der das Makefile so konfigurieren kann?

Intelli Sense funktioniert wohl nicht so richtig weil abhängig vom verwndeten µC unterschiedliche Headerdateien eingebunden und unterschiedliche Makros und Funktionen definiert werden. Somit weiß Intelli Sense nicht welche Funktionen und Makros zur verfügung stehen. Dies ist erst bei Compilieren bekannt, da der Controlertyp im Makefile definiert ist. Ich habe noch nicht versucht Intelli Sense zu überlisten, es könnte aber möglich sein.