Hi!
Ich hätte an der Schaltung noch ein paar Kritikpunkte:
1.: Da du die Schaltung in einem Auto einsetzten willst, musst du mehr Vorkehrungen treffen, was die Störsicherheit betrifft. Vor dem Spannungsregler würde ich eine Sicherung anbringen, dahinter eine Überspannungsschutzdiode (z.B. P6SMB20 oder 1.5KE22A) und eine Schottky-Diode um negative Spannungen nach Gnd abzuleiten. Dann nen großen Elko mit mindestens 470µF/35V und einen oder zwei 100nF Keramik-Kondensatoren.
2.: Die Reset Beschaltung ist nicht OK, vor allem im Auto. Es fehlt ein PullUp Widerstand (etwa 5-10kOhm) gegen 5V und ein 100nF Kerko gegen Gnd.
3.: Das Drehzahlsignal musst du auf jeden Fall mit einem Vorwiderstand versehen. Ich würde mindestens 10kOhm (eher mehr, Richtung 50kOhm) vorsehen. Wenn dann eine Überspannungsspitze kommt, kann die über die internen Dioden des AVR abgeleitet werden (die vertragen nur ganz wenig Strom, deshalb der große Vorwiderstand).
4.: Die Vorwiderstände für die LED(s) sollten sich auf der Platine befinden, denn wenn ein Kabelbruch auftritt, dann gibt es im Auto ganz schnell einen Kurzschluss gegen Gnd (die ganze Karosserie ist ja mit Masse verbunden).

Zu deiner eigentlichen Frage: Die Pins die du zum Programmieren benötigst, kannst du natürlich auch für andere Funktionen verwenden. Die Sicherste Methode wären Jumper, die du zum Programmieren einfach umsteckst.

MfG
Basti