Der Bootloader.bas Code aus den Samples funktioiert auch mit einem MEGA2560
Zumindest kann man ihn da auswählen
$regfile = "m2560def.dat"
Const Loaderchip = 2560

Hex Files kann man mit Bascom wohl auch flashen.
Beim "Sample Electronics Programmer" oder "STK 200/300 kompatiblen Programmern" sollte das so gehen:
Manual Program ->Buffer->Load from file->Dateityp "Hex" auswählen->File laden->Programmieren

Habe ich aber noch nicht ausprobiert, da ich das AVR Studio und STK500/AVRISP zum flashen verwende.

Gruß
Christopher