der eeprom ist ein 512 bytes großer speicherbereich, in den du daten ablegen kannst. diese daten können IM PROGRAMM geschrieben und gelesen werden, du kannst zB sensordaten oder kalibrierungswerte darin ablegen (paradebeispiel: ein programm zur kalibrierung wird geschrieben legt sensorwerte im eeprom ab wie zB den offset der fototransistoren oder high/low werte der radsensoren, evtl noch eine differenz der motoren usw... alle werte im eeprom gespeichert. dann kannst du alle weiteren programme die du schreibst, mit den werte aus dem eeprom arbeiten lassen ohne wieder alle werte neu zu bestimmen).
mit dem bootloader hat der eeprom nix zu tun, der bootloader leigt am ende des flash-speicherbereichs, also im gleichen speicher wie das hauptprogramm.