Hallo the_Ghost666!
Habe zufällig gerade Deine Frage gelesen. Ich selber beschäftige mich zur Zeit erst nur "theoretisch" mit dem Thema MOSFET-Motoransteuerung. Bitte mit anderen Antworten, vor allem von "Praktikern" vergleichen.

1. Zur Frage nach der Stromrichtung verstehe ich soviel von MOSFETs:
Der Kanal zwischen Drain und Source wird dann durchgeschaltet (egal welche Stromrichtung), wenn beim N-MOSFET die Spannung am Gate gegenüber dem Source! positiv ist (ca. 5-10V). Weiß nicht ob es umgekehrt gegenüber dem Drain klappt. Übrigens ist dann bei einem "umgedrehten" N-MOSFET die Freilaufdiode leitend!
2. Du möchtest die MOSFETs mit einem Controller ansteuern.
-> das geht solange gut, bis die Ansteuer-Taktfrequenz eher im kHz-Bereich liegt. Dann fallen die Um-Ladeströme fürs Gate ins Gewicht!
Vorschlag: MOSFET-Treiber benutzen (für Hi + Lo / Halbbrücke / Brücke) gibts auch bei Reichelt (IRLxxx oder ähnlich) - kosten dann leider noch extra was (ca 2-6€). Bei einer PWM-MOSFET-Ansteuerung habe mich nach weiteren Informationen selber vom Traum einer ganz preisgünstigen Lösung verabschieden müssen

3. Um zu verhindern, daß bei einem Reset beide MOSFETs durchschalten, könnte man bei Verwendung von MOSFET-Treibern Pulldown-Widerstände an dessen Eingänge legen. Controller hat da hoffentlich hochohmige Ausgänge während des Resets.
Hoffe Dir etwas weitergeholfen zu haben.
PS: bin nur ca. 1*wöchentlich im Internet-Cafe (betrifft Nachfragen an mich)