Hm. Ich kenn weder den CT-Bot noch Deinen Programmieradapter.
Aber Du schreibst Du hättest den CT-Bot schonmal aktiviert bekommen. Dazu muss da ja auch Software drauf, wie hast Du das gemacht?

Der Eintrag in Mfile ist lediglich dafür da, um dem Programm Avrdude (das steuert den Programmieradapter an) mitzuteilen was da eigentlich an Hardware (der Adapter) am PC hängt.
Wenn Du zum Übertragen des Hexfiles (welches make dann ausspuckt) auf den Bot andere Software als Avrdude verwenden möchtest, dann braucht Dich der Eintrag in Mfile auch nicht weiter zu stören - einfach ignorieren.