Wenn ich das dann richtig verstehe ist der Controller quasi so wie er von ATMEL ausgeliefert wurde.
Da der Chip ja eingelötet ist und keinen Bootloader hat, bleibt euch nur die Möglichkeit den Controller über ISP zu proggen.
Solche ISP Programmer gibt es massig als Fertiggerät oder Bauanleitung - sind nicht besonders schwierig herzustellen.
Die für die ISP die benötigten Pins - meistens MISO, MOSI, SCK, Reset, +5V und GND ( Controllerabhängig ) werden auf eine ISP Buchse gelegt.
Wenn euere Entwicklungsfirma schlau war ist bereits ein solcher ISP Anschluß auf euerer Platine enthalten.
Über diesen ISP Anschluss kann der Controller dann mit einem Programm versorgt werden.
Wenn das so ist, dann solltet ihr erstmal schauen welche Kommandos Lab View für die serielle Schnittstelle erzeugt und welche Daten in welchem Format erwartet werden.
Ihr müsst also zuerst die Serielle Schnittstelle des Controllers initialisieren und dann eine Protokollstack für euer Lab View Programm implementieren. Vieleicht gibts dafür aber auch schon fertige Librarys - müsst halt mal danach suchen.
Als nächster Schritt wäre dann die CAN Schnittstelle dran. Ich selber hab mit CAN noch nichts gemacht, aber die Vorgehensweise dürfte ähnlich sein wie bei der seriellen Schnittstelle.
Nun braucht der Controller noch einen Programanteil der die seriellen Kommandos, bzw. Messwerte zwischen den Schnittstellen hin und her wandelt. Dann sollte euere Soft laufen.
Entwicklungsaufwand für einen erfahrenen ATMEL Programmierer würde ich mal so zwischen 1 und 4 Monaten ansetzen. Je nach dem wieviel Dokumentation und fertige Lib's ihr habt.
Wenn dann alles läuft könnt ihr noch einen Bootloader in den AT90... implementieren, wenn das bei diesem Chip möglich ist.
Damit ist es, je nach verwendetem Programm, möglich eine neue Softwarevariante per serieller Schnittstelle in den Chip einzuspielen.
Das dürfte aber nur interessant sein, wenn ihr das fertige Produkt an Kunden ausliefern wollt. Die können sich dann aktuellere Softwarevarianten selber auf den Controller spielen.
Bei den ATMEL AVR Controllern gibt es eine ganze Anzahl von Fuse Bits.
Was die machen solltet ihr im Vorfeld genau aus dem Datenblatt herauslesen und von Anfang an die Bits richtig einstellen. Wenn ihr da was falsches einstellt ist es möglich, das sich der Controller nicht mehr über ISP Programmieren lässt.
Dann bleiben nur noch Tricks, oder das Auslöten des Controllers.