Paar kurze Tips:
1. AVR-Studio 4 runterladen
http://www.atmel.com/
dort nach AVR studio suchen
2. neues Projiekt erstellen
1. Seite avrgcc aussuchen und namen eingen
2. Seite avr-simulator und 2560 auswählen
3. code kopieren
Code:
#include <avr/io.h>

void mswait(unsigned short ms) {

	unsigned short j=0, k=0, x=0;

	for (j=1;j<=ms;j++){for (k=0;k<=27;k++) {for (x=0;x<=102;x++);}} // k<=27,x<=102 fuer rund 1 ms

	return;
}

void init(void) {
	
	DDRD = 0xff;		//PortD is komplett Ausgang
	PORTD = 0xff;
	
	return;
}

int main (void) {

    init();

	ledloop:
		PORTD = 0x00;		
		mswait (255);
		PORTD = 0xFF;		
		mswait (255);
	goto ledloop;

    return 0;
}
Kannst LED an portd anschließen. Pin->400Ohm->(plattes Ende)LED->Vcc (5V)
4. compilieren
5. den AVR programmieren (is im AVR studio was mit drinnen zu)
6. blinkenlights bestaunen

PS: habs hier mit nem Mega8 probiert, der code läuft so auch auf andern MegaAVR
PPS: nen Mega16 oder 8 hättens auch getan