ehrlichgesagt hab ich noch nie versucht, avrdude oder pony da einzubinden. wenn du avrdude nicht installiert hast, das gibts hier:
http://www.nongnu.org/avrdude/
und hier bissl was zum lesen:
http://www.mikrocontroller.net/articles/AVRDUDE

ich kann dir aber da leider nicht weiterhelfen, weil ich immer pony im hintergrund laufen lasse, und meine hexfiles damit hochlade. ist zwar bissl geklicke, aber inzwischen geht das recht flott.

wenn du den thread findest in dem beschrieben ist, wie man pony da einbaut, kann ich mal schauen, ob ich es hinbekomme.

gruesse