Kann man einen Usbstick an den Robby schließen?
Ich weiss nicht, ob der RP6 noch genug freie PINs hat, wenn ja könntest du anstatt einem USB-Stick leichter eine SD-Karte anschliessen.
Beschreibungen wie man eine SD-Card mit mit Atmel-Controllern lesen und schreiben kann findest du im Netz, hier im Forum gibts dazu auch ein paar Threads.

und mehr Geschwindigkeit
Ich weiss nicht, was für einen Quarz der RP6 verwendet. Ich meine mal gelesen zu haben da sei ein 8 MHz Quarz drauf.
Wenn ja, könntest du den durch einen 16 MHz Quarz ersetzen. Dann müsstest du aber auch in der RP6-Library alle Taktabhängigen Funktionen anpassen. Ansosnten dürfte das selbe gelten wie beim Übertakten des PCs - es könnte sein, dass nicht mehr alles ganz störungsfrei funktioniert und den Hersteller kannst du dafür dann nicht verantwortlich machen.

Welche Möglichkeiten gibt es für Embedded-Linux?
Was soll das bringen? Wenn du den µC auf dem RP6 durch ein Board mit Embedded Linux ersetzen willst, wirst du wohl eine komplett neue RP6-Platine bauen müssen und alle Motoren, Sensoren usw, an das Embedded Linux Board anschliessen müssen. Klingt mir nicht besonders sinnvoll.

Du könntest zusätzlich ein Embedded-Linux System auf den RP6 Setzen und mit dem vorhandenen µC verbinden.
Das Embedded Linux Board könnte dann Berechnungen durchführen usw, und den µC nur als Interface zu Steuern der Motoren, Lesen der Sensoren usw. nutzen.

Stattdessen könntest du dann die aufwendigen Rechnereien aber auch auf deinem PC rechnen lassen und den per Kabel, Funk oder Bluetooth mit dem RP6 verbinden.