Bei der aktuellen Version:
- C-Datei im Programmers Notepad Öffnen
- dann Makefile anpassen
- dann bei Tools --> make all klicken
- dann liegt die hex-Datei in deinem Verzeichnis
- die kannst du dann mit avrdude per Tools --> program in den MC laden

Lies der mal die entsprechenden Tutorials und Webseite in der Linksammlung bzw. die Artikel dieser Webseite zu dem Thema durch, dann hätte sich auch diese Frage erledigt gehabt.

PS: Und vergiss nicht die Fusebits anzupassen.