Hi,
Ein Timerinterrupt wird, wie der Name schon sagt, über einen Timer ausgelöst. Diesen stellt man auf eine Zeit, die der Abtastzeit des Encoders entspricht. Timer dienen meist zur Auslösung eines IRQs. Deshalb benötigt man dazu die äußeren Anschlüsse nicht. Du verwendest den Timer zur Zeit offensichtlich nur als Counter.
Die ISR (interrupt service routine) wird dann regelmäßig mit diesem Zeitintervall aufgerufen. Hier kann man dann die Encoderausgänge abfragen (Du benötigst also 2 freie Eingänge pro Encoder).
Wenn Du dann diese Eingangswerte Encoder(alt) gegen Encoder(neu) vergleichst, hast Du die Drehrichtung des Encoders erkannt. Alles weitere macht man dann in einem Hauptprogramm.
Soviel zum Prinzip.
Wenn Du nicht weisst, wie man IRQs programmiert, fehlen Dir elementare Grundlagen zur MC Programmierung.
Dann guckst Du hier: http://www.mikrocontroller.net/articles/AVR-Tutorial
wenn es C sein soll (meine Empfehlung): http://www.mikrocontroller.net/artic...R-GCC-Tutorial
Und nicht zuletzt: Das Datenblatt des entsprechenden AVRs (das im übrigen während der Entwicklung immer auf den Tisch zu liegen hat )

Gruß
pctoaster