Hi,
einen Controller mit mehr als 2 Timern gibt es sehr wohl (ATMega32).
Aber die brauchst Du hier nicht. Es hindert Dich niemand daran, mehrere Encoder mit Hilfe eines Timers nacheinander abzufragen.
Allerdings darfst Du diesen Timer nicht als Counter verwenden, sondern nur als IRQ. In der entsprechenden ISR fragt Du Deine Encoderzustände ab und wertest diese dann in der main() (oder wo immer) aus.

Gruß
pctoaster