Moin!
Das Problem des Programmierens mit angeschlossenem Display habe ich auch und ich befürchte, es ist normal und hängt vom Display ab. Bis auf Ausnahmefälle konnte ich trotzdem programmieren, so ca. 10-20 mal, danach war der µC hinüber. Seit dem ziehe ich das Display vorher ab.
Wenn Du einen Quarz benutzt, kannst Du die Pins nicht gleichzeitig anderweitig benutzen, weil Du in den Fusebits den Quarz wählst. Wenn Du eine andere Taktquelle "fused", dann kannst Du die Pins nutzen, wie Du willst.
Gruß